Seurat包Integrated assay与RNA assay 区别
问：单细胞Seurat分析时，分别在什么情况下选择Integrated assay 和RNA assay，以及这两者的差异 ？
答：
（1） 为了简单起见，使用Integrated assay 当比较不同数据集的细胞状态，如聚类、可视化和拟时序分析。
（2） 使用RNA assay ，研究基因在不同clusters、trajectories和condition的变化。
官方提供了一个例子，他们使用integrated assay 比较不同condition的细胞类型，使用RNA assay 去定义marker基因等。
具体例子如下：